近年来,同仁堂集团坚持“以现代中药为核心,发展生命健康产业,成为国际知名的现代中医药集团”的发展战略,以“做长、做强、做大”为方针,以创新引领跨越式发展,以科技兴企为己任,通过不断探索,形成了“两会两院两中心一站”的科技創新体系,即同仁堂科技质量管理委员会和同仁堂内部专家委员会、同仁堂研究院和同仁堂中医院、中药(复方)新药开发国家工程研究中心和集团公司检测中心、同仁堂博士后科研工作站。

  同仁堂研究院是是集团公司的科技創新平台,由两个上市公司的研究所、一个国家工程中心和集团公司博士后科研工作站组成,主要负责为集团系统服务,开发高精尖产品,开展共性技术研究。随着科技創新体系的逐步完善,科技創新工作取得了显著成绩。近20年,同仁堂开发新产品679个,其中药品176个,保健食品92个,食品288个,化妆品123个。

  2009年,同仁堂攻克了大蜜丸産品自動化包裝難題,改變了沿用幾百年的手工操作模式,在國內首家實現了大蜜丸扣殼、蘸蠟、裝盒的自動化生産。2010年,應用移印技術,以油墨代替金箔,以機械代替手工,實現了蜜丸打戳生産自動化,降低了成本,提高了生産效率。

  自1992年以來,同仁堂承擔政府重大科技項目60余項,其中國家級項目28項,北京市級項目34項。巴戟天寡糖膠囊、清腦宣竅滴丸、麥地參腎消膠囊等重點新藥品種均獲得了政府科技資金支持。

  2009年北京市“十病十药”项目启动以来,同仁堂的止渴养阴胶囊、巴戟天寡糖胶囊、参丹活血胶囊、贞芪益肾颗粒、清脑宣窍滴丸、麦地参肾消胶囊、爱可扶正片、栀郁安神颗粒、益肾通脑宁胶囊、清热强腰颗粒、疏风止咳颗粒等11个品种先后入选“十病十药”项目,同仁堂成为入选项目最多、获得资金支持力度最大的企业。其中“止渴养阴胶囊”于2011年12月16日正式上市场销售,成为“十病十药”项目首个上市品种。 目前同仁堂集团拥有各种专利共计105件,其中发明专利46件,实用新型7件,外观设计52件。